同意があったのに、被害届を出されました。起訴されるのでしょうか。

同意があったのであれば、強制わいせつ罪も強制性交等罪も成立しません。もっとも被害届が出たということは、同意はなかったという被害申告がなされているのですから、同意があったという状況証拠を示していかなければ起訴される可能性は十分あります。
なお、被害者が１３歳未満の場合は、同意があっても犯罪が成立しますし、相手が泥酔していた場合は、準強制わいせつ罪、準強制性交等罪となります。